截至2020年5月，正在運(yùn)行的政府部門批準(zhǔn)建立的科研機(jī)構(gòu)共77個(gè)，分別如下：
國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（1）
國(guó)家海底長(zhǎng)期科學(xué)觀測(cè)系統(tǒng)
國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（3）
土木工程防災(zāi)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
污染控制與資源化研究國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（聯(lián)合）
海洋地質(zhì)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室（1）
新能源汽車及動(dòng)力系統(tǒng)國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室
國(guó)家工程研究中心（1）
城市污染控制國(guó)家工程研究中心
國(guó)家工程技術(shù)研究中心（4）
國(guó)家燃料電池汽車及動(dòng)力系統(tǒng)工程技術(shù)研究中心
國(guó)家設(shè)施農(nóng)業(yè)工程技術(shù)研究中心（聯(lián)合）
國(guó)家磁浮交通工程技術(shù)研究中心
國(guó)家土建結(jié)構(gòu)預(yù)制裝配化工程技術(shù)研究中心
“2011”協(xié)同創(chuàng)新中心（1）
智能型新能源汽車協(xié)同創(chuàng)新中心
國(guó)家科技資源共享服務(wù)平臺(tái)（1）
國(guó)家干細(xì)胞轉(zhuǎn)化資源庫(kù)
國(guó)家大型科學(xué)儀器中心（1）
汽車整車風(fēng)洞試驗(yàn)中心（上海）
科技部國(guó)際科技合作基地（國(guó)際聯(lián)合研究中心）（4）
新能源汽車工程中心
干細(xì)胞與再生醫(yī)學(xué)國(guó)際聯(lián)合研究中心
地震工程國(guó)際聯(lián)合研究中心
可持續(xù)城市水系統(tǒng)國(guó)際聯(lián)合研究中心
教育部前沿科學(xué)中心（1）
細(xì)胞干性與命運(yùn)編輯前沿科學(xué)中心
教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（10）
道路與交通工程教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
長(zhǎng)江水環(huán)境教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
先進(jìn)土木工程材料教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
嵌入式系統(tǒng)與服務(wù)計(jì)算教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
巖土及地下工程教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
高密度人居環(huán)境生態(tài)與節(jié)能教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
心律失常教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
先進(jìn)微結(jié)構(gòu)材料教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
脊柱脊髓損傷再生修復(fù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
工程結(jié)構(gòu)服役性能演化與控制教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
教育部國(guó)際合作聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室（2）
地震工程國(guó)際合作聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室
生態(tài)化城市設(shè)計(jì)國(guó)際合作聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室
教育部工程研究中心（6）
土木信息技術(shù)教育部工程研究中心
企業(yè)數(shù)字化技術(shù)教育部工程研究中心
新能源汽車教育部工程研究中心
建筑鋼結(jié)構(gòu)教育部工程研究中心
道路交通安全與環(huán)境教育部工程研究中心
重大工程施工技術(shù)與裝備教育部工程研究中心
教育部其他研究中心（3）
教育部設(shè)施農(nóng)業(yè)網(wǎng)上合作研究中心（聯(lián)合）
教育部城市環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展研究中心（聯(lián)合）
教育部中國(guó)大陸構(gòu)造環(huán)境監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)聯(lián)合研究中心同濟(jì)大學(xué)分中心
交通部協(xié)同創(chuàng)新平臺(tái)（1）
重交通道路耐久與安全交通部協(xié)同創(chuàng)新平臺(tái)
其他省部級(jí)實(shí)驗(yàn)室（4）
現(xiàn)代工程測(cè)量國(guó)家測(cè)繪地理信息局重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（聯(lián)合）
民航飛行區(qū)設(shè)施耐久與運(yùn)行安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
橋梁結(jié)構(gòu)抗風(fēng)技術(shù)交通行業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
中國(guó)氣象局上海城市氣候變化應(yīng)對(duì)重點(diǎn)開(kāi)放實(shí)驗(yàn)室（聯(lián)合）（籌）
上海市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（9）
上海市金屬功能材料開(kāi)發(fā)應(yīng)用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（聯(lián)合）
上海市結(jié)核?。ǚ危┲攸c(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
上海市特殊人工微結(jié)構(gòu)材料與技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
上海市信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)與疾病研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
上海地面交通工具空氣動(dòng)力與熱環(huán)境模擬重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
上海市化學(xué)品分析、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
上海市城市更新及其空間優(yōu)化技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（籌）
上海市軌道交通結(jié)構(gòu)耐久與系統(tǒng)安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（籌）
上海市航天測(cè)繪遙感與空間探測(cè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（籌）
上海市“一帶一路”國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室（1）
巽他陸架大洋鉆探國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室
上海市工程技術(shù)研究中心（9）
上海電動(dòng)汽車工程技術(shù)研究中心
上海設(shè)施農(nóng)業(yè)工程技術(shù)研究中心
上海寶石及材料工藝工程技術(shù)研究中心
上海網(wǎng)絡(luò)信息服務(wù)工程技術(shù)研究中心
上海工業(yè)視覺(jué)感知與智能計(jì)算工程技術(shù)研究中心
上海牙組織修復(fù)與再生工程技術(shù)研究中心
上海區(qū)塊鏈應(yīng)用服務(wù)工程技術(shù)研究中心（籌）
上海人工心臟與心衰醫(yī)學(xué)工程技術(shù)研究中心（籌）
上海超聲診療工程技術(shù)研究中心（籌）
上海市工程研究中心（1）
上海市干細(xì)胞臨床診療工程研究中心
上海市臨床醫(yī)學(xué)研究中心（1）
上海市感染性疾?。ńY(jié)核?。┡R床醫(yī)學(xué)研究中心
上海市專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)（5）
上海市新能源汽車產(chǎn)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新服務(wù)平臺(tái)
上海市地面交通工具風(fēng)洞專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)
上海市土木基礎(chǔ)設(shè)施抗震試驗(yàn)專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)
上海市電子廢棄物資源化利用專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)
上海視覺(jué)感知技術(shù)創(chuàng)新服務(wù)平臺(tái)
上海高校知識(shí)服務(wù)平臺(tái)（上海市協(xié)同創(chuàng)新中心）（5）
智能型新能源汽車協(xié)同創(chuàng)新中心
上海市電子交易與信息服務(wù)協(xié)同創(chuàng)新中心
長(zhǎng)三角城市群智能規(guī)劃協(xié)同創(chuàng)新中心
上海市磁浮與軌道交通協(xié)同創(chuàng)新中心
海底過(guò)程研究協(xié)同創(chuàng)新中心
上海市軟科學(xué)研究基地（1）
上海產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新生態(tài)系統(tǒng)研究中心
上海市科創(chuàng)中心（1）
上海新能源汽車研發(fā)與轉(zhuǎn)化功能性平臺(tái)
