截至2020年5月21日，正在運行的學校與地方、國內外企事業單位共建的聯合科研機構41個，分別如下：
同濟大學蘇州研究院
同濟大學太倉高新技術研究院
嘉興同濟環境研究院
東莞同濟大學研究院
同濟大學青島高等研究院
同濟（嘉興）新產品研發中心
同濟大學北京研究院
同濟大學重慶研究院
同濟中車創新研究中心
上海飛機設計研究院-同濟大學飛機內飾與創意設計中心
中國民族貿易促進會—同濟大學研究院
中電建路橋同濟研究院
同濟大學中車捷運研究院
同濟大學雄安新區未來城市研究院
深圳市未來智能網聯交通系統產業創新中心
南昌智能新能源汽車研究院
上海市建筑數字建造工程技術研究中心
上海污泥處理與資源化高新裝備工程技術研究中心
宜賓同濟汽車研究院
同濟康泰聯合研究中心
同濟大學-重塑能源燃料電池技術特殊應用聯合實驗室
同濟-維克多汽車技術聯合實驗室
氫能與燃料電池技術服務聯合實驗室
同濟大學工程與產業研究院阜陽創新中心
華人運通技術有限公司-同濟大學新能源動力聯合實驗室
腦智同飛聯合研究中心
燃料電池復合電源系統聯合實驗室
同濟大學-廈門航空有限公司同濟廈航算法聯合實驗室
大地-同濟生態環境治理研究中心
中民-同濟石材產業研究中心
同濟-聯州車用制冷劑聯合研究中心
同濟大學江寧新能源汽車材料創新中心
合禾-同濟環境大數據采集、輸送、存儲、分析計算及應用研究中心
同濟大學交科院日照道路交通研究中心
同濟大學—太原學院科技成果產業化聯合研究中心
同濟-啟成智能沖壓裝備聯合研究中心
同濟川源微生物技術研發中心
先進驅傳動系統聯合實驗室
同濟-四川謙宜玄武巖纖維復合材料開發工程中心
同濟大學智慧水務聯合創新研發中心
智電汽車技術創新中心
沃爾福國方-同濟大學聯合實驗室
